Elektroforeza u pulsirajućem polju (engleski Pulsed Field Gel Electrophoresis - PFGE) je metoda razdvajanja velikih molekula DNK u agaroznim gelovima koristeći pulsirajuće električno polje. Ovom metodom je moguće razdvojiti bakterijske genome i hromozome nekih eukariotskih organizama (na PFGE gelovima je moguće razdvojiti fragmente veličine od nekoliko kilobaza do nekoliko megabaza). PFGE kombinovana sa digestijom totalne DNK restrikcionim enzimima u agaroznim blokčićima se koristi za genotipizaciju mikroorganizama i za detekciju genomskih rearanžmana kao što su delecije, duplikacije, translokacije i inverzije. U naučnoj literaturi PFGE važi za “zlatni standard” determinacije zato što je najpreciznija metoda za detekciju razlika među sojevima jedne vrste. Poslednjih godina su razvijene brze metode molekularne determinacije mikroorganizama, ali PFGE i dalje zadržava poziciju najpreciznije i najpouzdanije metode pogotovu kada se utvrđuju razlike/sličnosti među bliskim mikroorganizmima. Pored utvrđivanja razlika među mikroorganizmima PFGE se koristi i za određivanje nivoa srodnosti/udaljenosti među sojevima/vrstama (dendogram).
