Centar za mikroskopiju u IMGGI poseduje stereo, fluorescentne i konfokalne mikroskope zajedno sa radnom stanicom sa softverskim paketima za obradu i analizu slike. Mogu se snimati pojedinačno ili višestruko obeleženi uzorci, korišćenjem objektiva sa uvećanjem od 1X do 100X. Istraživači IMGGI imaju iskustva u snimanju ćelija sisara, embriona zebrice, bakterija, biljnih organa, delova različitih tkiva.