16S rRNK gen, odnosno ITS region su najčešće korišćeni genetički marker u taksonomiji i filogenetskoj analizi bakterija odnosno gljiva, jer je prisutan kod svih bakterija, odnosno gljiva. Kako se njihova funkcija nije menjala tokom vremena, razlike u sekvencama ovih regiona oslikavaju evolucione promene. Za identifikaciju cijanobakteija i gljiva kao polazni materijal koristimo izolovanu DNK, odnosno 16S rRNK gen ili ITS region umožen u PCR reakciji. Za dobijanje parcijalne ili skoro cele sekvence gena za 16S rRNK donosno ITS region koristimo univerzalne prajmere, a sekvence analiziramo SeqMatch i BLAST alatima.