Gen za 16S rRNK je najčešće korišćeni genetički marker u taksonomiji odnosno filogenetskoj analizi bakterija jer je prisutan kod svih bakterijskih vrsta. Kako se njegova funkcija nije menjala tokom vremena, razlike u sekvenci ovog gena odslikavaju evolucione promene. Za identifikaciju bakterija kao polazni materijal koristimo čistu bakterijsku kulturu, izolovanu DNK, odnosno 16S rRNK gen umožen u PCR reakciji. Za dobijanje parcijalne ili skoro cele sekvence gena za 16S rRNK koristimo univerzalne bakterijske prajmere, a sekvence analiziramo SeqMatch i BLAST alatima.