Genska regulacija u tumorima

Grupa za gensku regulaciju u tumorima se bavi proučavanjem strukture i funkcije regulatornih DNK i RNK elemenata i njihovom ulogom u nastanku i razvoju malignih bolesti.

Glavne teme istraživanja su:

Alternativni genski promotori - aktivnost u različitom ćelijskom i fiziološkom kontekstu i interakcija sa regulatorima transkripcije i malim RNK
Nekodirajuće RNK - struktura i funkcija, interakcioni partneri, ekspresija u različitom ćelijskom i fiziološkom kontekstu i uloga u procesima relevantnim za karcinogenezu
5'-netranslatirajući regioni (5'-UTR) - profil ekspresije transkripata sa različitim 5’-UTR u različitom ćelijskom i fiziološkom kontekstu i interakcija sa regulatorima translacije i mikroRNK
Signalni put TGFB - struktura i funkcija alternativnih promotora i 5'-UTR gena koji kodiraju učesnike signalnog puta, interakcija iRNK sa mikroRNK i karakterizacija funkcionalnih varijanti
Odgovor na hemioradioterapiju - karakterizacija molekularnih mehanizama u osnovi kompletnog patološkog odgovora i hemoradiorezistencije

Fokus istraživanja je na solidnim tumorima gastrointestinalnog trakta: kolorektalnom karcinomu, karcinomu pankreasa, hepatocelularnom karcinomu i oralnom karcinomu. Ispitivanja takođe obuhvataju karcinom pluća, karcinom štitne žlezde i karcinom jajnika.

Istraživanja se vrše na 2D i 3D ćelijskim kulturama i uzorcima tumorskog i netumorskog tkiva dobijenim prilikom resekcije tumora ili biopsije. Posebna pažnja je posvećena razvoju model sistema za ex vivo stimulaciju tumorskog tkiva u cilju ispitivanja mehanizama i determinanti odgovora na hemioradioterapiju.

Pored klasičnih tehnika molekularne i ćelijske biologije u radu se koriste savremeni bioinformatički pristupi i metode velikog obuhvata nove generacije - transkriptomika i proteomika.

U rad su uključeni studenti svih nivoa studija kroz realizaciju seminarskih i naučno-istraživačkih radova.

Inovacione aktivnosti su usmerene na ispitivanje potencijala regulatornih DNK i RNK elemenata kao biosenzora, biomarkera i terapijskih meta u malignim bolestima.

Aleksandra Nikolić

Naučni savetnik

Grupa za gensku regulaciju u tumorima
Departman za humanu molekularnu genetiku i genomiku

aleksandra.nikolic@imgge.bg.ac.rs

Dr Aleksandra Nikolić je naučni savetnik i rukovodilac Grupe za gensku regulaciju u tumorima. U IMGGI je zaposlena od 2002. godine, a od 2024. je angažovana i kao koordinator Kancelarije za upravljanje i podršku projektima.

Bavi se proučavanjem poremećaja transkripcione regulacije u solidnim tumorima sa fokusom na tumore gastrointestinalnog trakta. Njena istraživanja su usmerena na identifikaciju regulatornih elemenata DNK i RNK koji se specifično ponašaju u malignoj ćeliji sa idejom da mogu poslužiti kao biomarkeri ili biosenzori, kao i za razvoj ciljanih terapija za maligne bolesti. Rukovodila je projektom SENSOGENE u sklopu programa PROMIS Fonda za nauku kroz koji je u svoja istraživanja uvela rad na 3D ćelijskim kulturama i bioinformatičke pristupe. Posebno je zainteresovana za multidisciplinarne saradnje koje bi omogućile napredne analize i bolju iskorišćenost dostupnih transkriptomskih i proteomskih podataka, razvoj biomarkera i biosenzora kao dijagnostičkih alata za primenu u kliničkom okruženju, kao i razvoj nove generacije terapeutika na bazi molekula RNK.

Intenzivno se bavi naučnom edukacijom i komunikacijom i na ovom planu sarađuje sa velikim brojem srednjih škola, centrima za telente, IS Petnica i studentskim udruženjima. Bila je mentor 5 doktorskih disertacija, 9 master radova i 11 diplomskih radova, kao i supervizor praksi i studentskih radova više od 100 studenata osnovnih studija. Od 2011. godine je rukovodilac Programa biologije i hemije za srednjoškolce. Realizator je većeg broja edukacija i radionica u oblasti akademskih veština, a na Biološkom fakultetu je od 2017. gost-predavač na ovom predmetu. Učestvovala je u svim projektima koje je IMGGI realizovao u sklopu programa Noć istraživača Evropske komisije i bila je rukovodilac dva ovakva projekta, SCIMFONICOM I SCIMFONICOM 2.013. Kreirala je "Igru karijernog razvoja" (izdanja za srednjoškolce, studente i doktorande) koja je namenjena upoznavanju sa izazovima rada u nauci na zabavan način prilagođen uzrastu.

Program rada IMGGI za 2025. godinu - Ministarstvo nauke, tehnološkog razvoja i inovacija Republike Srbije, 451-03-136/2025-03/200042, 2025

Worm Profiler: Surveillance and population genetics of Echinococcus in Serbia (WORM_PROFILER) (2024-2026)

Live RNA imaging and knockdown using programmable CRISPR-Cas13 (LiveRNA)

NAUČNI SAVETNICI

Jovanka Lukić

VIŠI NAUČNI SARADNICI

NAUČNI SARADNICI

ISTRAŽIVAČI SARADNICI

Dunja Pavlović

ISTRAŽIVAČI PRIPRAVNICI

Anastasija Bubanja

Ključne publikacije

Babic T, Banovic Djeri B, Pavlovic D, Dragicevic S, Despotovic J, Karanovic J, Nikolic A. Comparative RNA-Seq Analysis of Colon Spheroids and Patient-derived Tissues Identifies Non-Canonical Transcript Isoforms of Protein-Coding Genes Implicated in Colon Carcinogenesis. Cancer Inform. 2025 Nov 24;24:11769351251396250. doi: 10.1177/11769351251396250.
Pavlovic D, Babic T, Ignjatovic S, Pavlovic K, Dragicevic S, Nikolic A. Transcript PHF19-207 May Be a Long Non-Coding RNA with Tumor-Promoting Role in Colon Cancer. Biomolecules. 2025;15(7):957. doi: 10.3390/biom15070957.
Dragicevic S, Dinic J, Ugrin M, Vidovic M, Babic T, Nikolic A. Transcriptomic Landscape of Paclitaxel-Induced Multidrug Resistance in 3D Cultures of Colon Cancer Cell Line DLD1. Int J Mol Sci. 2025;26(14):6580. doi: 10.3390/ijms26146580.
Babic T, Ugrin M, Jeremic S, Kojic M, Dinic J, Banovic Djeri B, Zoidakis J, Nikolic A. Dysregulation of transcripts SMAD4-209 and SMAD4-213 and their respective promoters in colon cancer cell lines. J Cancer. 2024;15(15):5118-5131. doi: 10.7150/jca.98911.
Babic T, Lygirou V, Rosic J, Miladinov M, Rom AD, Baira E, Stroggilos R, Pappa E, Zoidakis J, Krivokapic Z, Nikolic A. Pilot proteomic study of locally advanced rectal cancer before and after neoadjuvant chemoradiotherapy indicates high metabolic activity in non-responders' tumor tissue. Proteomics Clin Appl. 2023;17(1):e2100116. doi: 10.1002/prca.202100116.

Publikacije