Биоинформатичка мрежа за здравље биљака

Координатор пројекта: Annelies Haegeman, Фландријски истраживачки институте за пољопривреду, рибарство и храну, Белгија

Детекција болести биљака употребом нове генерације секвенцирања (НГС) је релативно млада дисциплина која се брзо развија и као таква укључује лабораторије различитих нивоа стручности у области фитопатологије и дијагностике биљних патогена широм Европе. Испоставило се да су биоинформатичке анализе посебно тешке за увођење у лабораторије које се баве биљним патогенима, што се додатно компликује услед недостатка стандарда/добре праксе у биоинформатици. Будући да су области примене, као и истраживачки циљеви лабораторија које се баве фитопатологијом у Европи, а и шире, међусобно веома слични потребно је изградити заједничку мрежу биоинформатичара и/или фитопатолога у циљу обезбеђивања ефикасне размене знања и избегавања паралелног развијања истих/сличних биоинформатичких приступа. Кроз овај пројекат желимо да унапредимо сарадњу и комуникацију између различитих лабораторија у погледу размене доступних биоинформатичких приступа и да смањимо разлику у знању између лаборатија које имају мало и лабораторија које имају много искуства у НГС дијагностици биљних патогена. Главни циљеви пројекта су четвороструки: 1) Развијање материјала за учење који ће помоћи лабораторијама које немају искуства да почну са употребом НГС анализа у дијагностици биљних патогена, 2) развијање сложених референтних вештачких сетова података за тестирање и валидацију различитих биоинформатичких приступа уз поређење актуелних приступа међу лабораторијама, 3) трансфер знања из биљне вирологије у друге дисциплине фитопатологије, 4) унапређивање опште комуникације дељењем најбољих биоинформатичких приступа и приближавање крајњим корисницима у привреди. Овај пројекат се уклапа у основне циљеве дефинисане темом позива кроз: 1) побољшање валидације биоинформатичких приступа развијањем вештачких референтних сетова података, 2) приступ мање искусним лабораторијама обезбеђивањем материјала за учење и 3) побољшање комуникације међу дијагностичарима и биоинформатичарима кроз демонстрацију потенцијала НГС секвенцирања РНК не само у детекцији биљних вируса него и у детекцији других биљних патогена, што ће подстаћи стручњаке из других области фитопатологије да уче из искуства биљних виролога.