Bioinformatička mreža za zdravlje biljaka

Koordinator projekta: Annelies Haegeman, Flandrijski istraživački institute za poljoprivredu, ribarstvo i hranu, Belgija

Detekcija bolesti biljaka upotrebom nove generacije sekvenciranja (NGS) je relativno mlada disciplina koja se brzo razvija i kao takva uključuje laboratorije različitih nivoa stručnosti u oblasti fitopatologije i dijagnostike biljnih patogena širom Evrope. Ispostavilo se da su bioinformatičke analize posebno teške za uvođenje u laboratorije koje se bave biljnim patogenima, što se dodatno komplikuje usled nedostatka standarda/dobre prakse u bioinformatici. Budući da su oblasti primene, kao i istraživački ciljevi laboratorija koje se bave fitopatologijom u Evropi, a i šire, međusobno veoma slični potrebno je izgraditi zajedničku mrežu bioinformatičara i/ili fitopatologa u cilju obezbeđivanja efikasne razmene znanja i izbegavanja paralelnog razvijanja istih/sličnih bioinformatičkih pristupa. Kroz ovaj projekat želimo da unapredimo saradnju i komunikaciju između različitih laboratorija u pogledu razmene dostupnih bioinformatičkih pristupa i da smanjimo razliku u znanju između laboratija koje imaju malo i laboratorija koje imaju mnogo iskustva u NGS dijagnostici biljnih patogena. Glavni ciljevi projekta su četvorostruki: 1) Razvijanje materijala za učenje koji će pomoći laboratorijama koje nemaju iskustva da počnu sa upotrebom NGS analiza u dijagnostici biljnih patogena, 2) razvijanje složenih referentnih veštačkih setova podataka za testiranje i validaciju različitih bioinformatičkih pristupa uz poređenje aktuelnih pristupa među laboratorijama, 3) transfer znanja iz biljne virologije u druge discipline fitopatologije, 4) unapređivanje opšte komunikacije deljenjem najboljih bioinformatičkih pristupa i približavanje krajnjim korisnicima u privredi. Ovaj projekat se uklapa u osnovne ciljeve definisane temom poziva kroz: 1) poboljšanje validacije bioinformatičkih pristupa razvijanjem veštačkih referentnih setova podataka, 2) pristup manje iskusnim laboratorijama obezbeđivanjem materijala za učenje i 3) poboljšanje komunikacije među dijagnostičarima i bioinformatičarima kroz demonstraciju potencijala NGS sekvenciranja RNK ne samo u detekciji biljnih virusa nego i u detekciji drugih biljnih patogena, što će podstaći stručnjake iz drugih oblasti fitopatologije da uče iz iskustva biljnih virologa.