IMGGI raspolaže jedinstvenom kolekcijom mikroorganizama izolovanih sa specifičnih staništa.

Kolekcija sadrži humane izolate i prirodne izolate bakterija mlečne kiseline poreklom iz tradicionalnih mlečnih proizvoda sa specifičnih lokaliteta zapadnog Balkana. Neki od pomenutih izolata imaju specifična tehnološka i probiotička svojstva i koriste se za dizajniranje starter ili probiotskih kultura za pripremu funkcionalnih mlečnih proizvoda.

Osim toga, u kolekciji se nalaze i izolati iz zemljišta, kao i biljni i klinički patogeni mikroorganizmi značajni sa aspekta izučavanja mehanizama bakterijskih rezistencija i biokontrole.

Kolekcija predstavlja nacionalni resurs Srbije i od izuzetnog je značaja sa aspekta očuvanja diverziteta bakterija Srbije i regiona.