Микроскопи су оптички инструменти са функцијом увеличања узорака који су сувише мали да би се видели голим оком.

Институт поседује микроскопе напредне генерације за светлосну микроскопију (стерео микроскоп, микроскопе са светлим видним пољем, конфокални, флуоресцентни и фазно контрастне микроскопе) опремљене CCD камерама и софтверима за анализу.

У Институту се ови уређаји користе за генерисање високо квалитетних микрографија пореклом од различитих узорака (хромозоми, фиксиране ћелије и пресеци ткива, живе ћелије и организми) у циљу унапређења основних и примењених истраживања.