ИМГГИ располаже јединственом колекцијом микроорганизама изолованих са специфичних станишта.

Колекција садржи хумане изолате и природне изолате бактерија млечне киселине пореклом из традиционалних млечних производа са специфичних локалитета западног Балкана. Неки од поменутих изолата имају специфична технолошка и пробиотичка својства и користе се за дизајнирање стартер или пробиотских култура за припрему функционалних млечних производа.

Осим тога, у колекцији се налазе и изолати из земљишта, као и биљни и клинички патогени микроорганизми значајни са аспекта изучавања механизама бактеријских резистенција и биоконтроле.

Колекција представља национални ресурс Србије и од изузетног је значаја са аспекта очувања диверзитета бактерија Србије и региона.